MR serca nie wykorzystuje promieniowania jonizującego i dla większości pacjentów jest badaniem bezpiecznym. Silne pole magnetyczne wymaga jednak dokładnego sprawdzenia wszystkich implantów, urządzeń medycznych i metalicznych ciał obcych.
Sam fakt posiadania rozrusznika, stentu, klipsa lub innego implantu nie zawsze wyklucza badanie. Znaczenie mają dokładny model urządzenia, jego zgodność z warunkami MR oraz możliwości danej pracowni. Jeżeli bezpieczeństwa implantu nie można potwierdzić, badanie może zostać odroczone albo zastąpione inną metodą.
Badanie może być również utrudnione u osób z nasilonym lękiem przed zamkniętą przestrzenią, niemożnością nieruchomego leżenia lub wykonywania poleceń oddechowych. Takie trudności warto zgłosić przed ustaleniem terminu.
Ciąża nie jest automatycznym przeciwwskazaniem do badania MR bez kontrastu. Badanie wykonuje się jednak po indywidualnej ocenie, gdy jest potrzebne klinicznie. W OMEGA badanie kobiet w ciąży wymaga skierowania oraz wcześniejszej kwalifikacji.
W czasie ciąży środka kontrastowego zawierającego gadolin zasadniczo się unika i rozważa jego podanie jedynie w szczególnych sytuacjach. Karmienie piersią należy zgłosić podczas rejestracji. Po zastosowaniu standardowego gadolinowego środka kontrastowego przerywanie karmienia zwykle nie jest konieczne, ale pacjentka powinna otrzymać zalecenia dostosowane do zastosowanego preparatu i procedury pracowni.